1、按用途可分為：小體積樣品全自動固相萃取儀和大體積樣品全自動固相萃取儀
小體積樣品指食品、藥品、血液等樣體，體積量一般在50ml以下；而大體樣品主要指水樣，一般是200ml量以上。市面上現有的全自動固相萃取儀也是通過樣品量的體積不同而設計。
小體積全自動固相萃取儀主要代表有美Gilson公司的GX-27X ASPEC，美國Caliper （原 Zymark）公司的RapidTrace，國產的優興科儀PE301等，原理基本相同，都是主要借助注射泵來回轉移液體來實現的，優勢在于有連續處理能力。大體積全自動固相萃取儀代表有美國DIONEX產品AutoTrace 280（樣品處理量20mL-20L），Horizon公司的SPE-DEX 4790（樣品處理量20mL-4L），以及GL Sciences公司的AQUA Trace ASPE799（樣品處理量10mL-5L）。
另外，美國Gilson公司的GX-27X ASPEC系列和而MC的MULTI-SPE A208則同時兼容小體積和大體積樣品處理的全自動固相萃取系統，同樣可以處理50ml以下的小體積樣品和200mL至數升以上的樣品。
2、按原理分可分為柱萃取和膜萃取全自動固相萃取儀
膜萃取主要為大體積水樣而設計的，膜萃取速度快是其優點，而且不容易堵塞，但是單個樣品的處理成本較柱萃取高。膜萃取主要代表Horizon公司的SPE-DEX 4790。美國Gilson公司的GX-274 ASPE，日本GL Sciences公司的AQUA Trace ASPE799也都使用柱萃取。而美國DIONEX的AutoTrace 280 和MC的MULTI-SPE A208可以同時兼容柱式和盤式萃取，也可以進行雙柱串聯萃取。
3、按通道分可分為單通道和多通道固相萃取儀
其中Gilson公司的GX-271 ASPEC為單通道，GX-274 ASPEC為四通道；Caliper （原 Zymark）公司的RapidTrace的也是單通道，但可以拼成10個通道；日本GL Sciences公司的AQUA Trace ASPE799為六通道；美國DIONEX的AutoTrace 280也為六通道；MC的MULTI-SPE 為8通道；Horizon公司的SPE-DEX 4790為單通道，也可以拼成多通道。
通常通道數量越多，在處理大批量樣品時，就可以節約更多的時間，特別是上樣的時間。
